Porque você tem uma vírgula antes do limite. Isso faz com que o apache analise como se fosse parte das Opções, em vez de uma substituição separada. Pense nisso assim:
AllowOverride
AuthConfig
FileInfo
Options=Indexes,Limit
O que você quer é, ao invés disso,
AllowOverride AuthConfig FileInfo Limit Options=Indexes
Há mais informações em a documentação principal do Apache .