Você não pode desativar os mapeamentos de manipulador individuais na interface do usuário. O 'Edit Feature Permissions', mencionado por Mark Henderson, aplica-se a todo o recurso 'Handler Mappings', portanto, aplica-se a todos os mapeamentos, não a um único.
Existem realmente três grupos de manipuladores, um que requer permissão de Execução, como 'ISAPI-dll' ou 'CGI-exe', o segundo grupo que requer permissões 'Script', todos os manipuladores do asp.net estão nessa grupo. O terceiro grupo de manipuladores requer apenas permissão 'Read', 'StaticFile' é um exemplo disso. Como ele não executa um processo nem executa um script, apenas lê um arquivo do sistema de arquivos.
Você pode verificar isso abrindo 'Editar Permissões de Recurso' e desmarcando 'Script', a maioria dos mapeamentos agora está desabilitada. Desmarque a opção "Ler" e os últimos que estão ativados também estão desativados.
Para remover um manipulador de um site, abra o web.config e adicione algo assim:
<system.webServer>
<handlers>
<remove name="PageHandlerFactory-Integrated-4.0"/>
</handlers>
</system.webServer>
Isso removerá o manipulador de páginas integradas do ASP.NET 4, o que significa que os formulários da Web (aspx) não funcionarão mais.
Se você observar os 'Mapeamentos do manipulador' para o mesmo site no Gerenciador do IIS, esse mapeamento ainda será exibido na seção ativada, mesmo que não funcione mais para o site.