Esse prompt pode ser desabilitado pela seguinte edição do Registro:
HKCU: para afetar apenas o usuário atual:
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\ProtocolExecute\YOUR_MONIKER]
"WarnOnOpen"=dword:00000000
HKLM: para afetar a máquina local - para máquinas de 32 bits
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Internet Explorer\ProtocolExecute\YOUR_MONIKER]
"WarnOnOpen"=dword:00000000
HKLM: para afetar toda a máquina - para máquinas de 64 bits
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Internet Explorer\ProtocolExecute\YOUR_MONIKER]
"WarnOnOpen"=dword:00000000