Depende de como você se conecta ao seu banco de dados. Se você estiver usando um aplicativo da Web, o Snort (e outros NIDS) poderá detectar injeções de SQL e outros ataques que acontecem por HTTP.
O problema é que, se você estiver usando SSL ou conexões criptografadas com seu banco de dados, seus NIDS ficarão cegos para o tráfego.
É por isso que a análise de log é muito importante. A única maneira de o seu banco de dados falar com você é através dos logs e muitos DBAs não estão familiarizados com ele. Eu realmente não entendo porque todo mundo aceita web log como familiar, mas negligenciam logging de db (eu vou reclamar mais sobre isso em outra ocasião).
Para ativar o log do mysql: link
Eu também uso o OSSEC de código aberto para monitorar meus logs do MySQL e ele funciona muito bem.