Você não precisa limpar a unidade para fazer o que está descrevendo. Você descobrirá que nem terá uma maneira conveniente de apagar um único disco.
Recomendo que você não interrompa a matriz RAID 1 como uma forma de backup. O que acontece se a atualização "for mal"?
Esta prática não deve ser promovida porque acarreta algum risco e não é escalonável para outros níveis de RAID ou grupos maiores de discos.
A HP tem uma abordagem sancionada para realizar esse tipo de operação. Chama-se Split / Recombine Mirror Array .
Editar:
Você está fazendo isso com o VMware ESXi. É desnecessário passar por este problema para o ESXi. Quando você atualiza o VMware, há uma opção para reverter para um Bootbank alternativo.
Veja: Como a partição / altbootbank / é usada no ESXi?
Ou o artigo de arquitetura do VMware ESXi .
The ESXi system has two independent banks of memory, each of which stores a full system image, as a fail-safe for applying updates. When you upgrade the system, the new version is loaded into the inactive bank of memory, and the system is set to use the updated bank when it reboots. If any problem is detected during the boot process, the system automatically boots from the previously used bank of memory. You can also intervene manually at boot time to choose which image to use for that boot, so you can back out of an update if necessary.