Dê uma olhada no debconf-set-selections
manpage - ele deve fazer exatamente o que você procura.
Você deve poder ir para uma caixa com o MySQL já instalado e fazer: -
debconf-get-selections | grep "^mysql-server" >mysql-server-sel.txt
Copie-o para sua caixa de destino e execute: -
debconf-set-selections mysql-server-sel.txt
apt-get install mysql-server