O que faz diferença no desempenho é remover camadas de virtualização, usando uma partição que você remove uma camada (embora pequena) e, portanto, um ganho de desempenho é esperado. No entanto, se você estiver compartilhando o disco entre outras VM, o ganho de desempenho poderá ser nulo.
O ganho de desempenho aqui é tão pequeno que altamente depende da sua configuração de hardware (leia o controlador de disco e o layout RAID). Meu conhecimento comum diz que isso só faz sentido se o dispositivo (disco) não for compartilhado entre mais de uma VM, e a VM tiver acesso direto a ele. Outra opção é usar um controlador de disco em uma configuração passagem (seu hardware e sistema operacional convidado devem ter suporte para ele), dessa forma você remove duas camadas de virtualização e, portanto, o ganho de desempenho deve ser maior aparente.