Como este é um dos principais resultados no Google para "plesk vhost.conf restart", e não consegui encontrar instruções úteis em outro lugar, compartilharei minha experiência.
Eu precisava adicionar isso à minha configuração do Apache / Plesk para permitir uploads maiores:
<IfModule mod_fcgid.c>
FcgidMaxRequestLen 52428800
</IfModule>
Então eu coloquei esse conteúdo exato em um novo arquivo em:
/var/www/vhosts/domain.com/conf/vhost.conf
Para obter esse arquivo incluído nos arquivos conf gerados pelo Plesk, usei algo como:
/usr/local/psa/admin/sbin/websrvmng --reconfigure-vhost --vhost-name=domain.com
ou
/usr/local/psa/admin/sbin/httpdmng --reconfigure-domain domain.com
O resultado destes comandos é que o Plesk adiciona uma linha como esta:
Include "/var/www/vhosts/domain.com/conf/vhost.conf*"
para o arquivo httpd.include gerado, como
/var/www/vhosts/domain.com/conf/13494407390.45120500_httpd.include
Eu precisei reiniciar o Apache para que isso tivesse efeito:
/etc/init.d/httpd restart
E eu verifiquei o log de erros do Apache para ter certeza de que não havia problemas para reiniciar.