Suponho que você pode usar um comando personalizado do gnome-terminal para cada perfil, por exemplo
bash -c 'PROFILE=default_profile exec bash'
ou
bash -c 'PROFILE=screen_profile exec screen -U'
ou similar.
Em seguida, em ~/.bashrc
if [[ -n $PROFILE ]]; then
HISTFILE=~/.bash_history."$PROFILE"
fi