Atualmente, o que você está tentando fazer não pode ser feito em uma única operação. Mover no S3cmd para a API é essencialmente uma cópia e excluir tudo em um e é uma restrição da operação de cópia.
You can store individual objects of up to 5 TB in Amazon S3. You create a copy of your object up to 5 GB in size in a single atomic operation using this API. However, for copying an object greater than 5 GB, you must use the multipart upload Upload Part - Copy API
The examples in this section show you how to copy objects greater than 5 GB using the multipart upload API. You can copy objects less than 5 GB in a single operation.