Então eu respondo por mim mesmo, entendi agora, grande confusão e incompreensão da configuração dinâmica. Talvez alguém tenha o mesmo problema:
Existe uma diferença entre olcRootDN in dn: olcDatabase={1}mdb,cn=config and dn: olcDatabase={0}config,cn=config
no meu caso, o olcRootDN em olcDatabase={0}config,cn=config não foi definido. Então eu adicionei como explicado no link e também olcRootPW .
Agora, posso acessar a cn=config na GUI do Apache Directory Studio e editá-la com tranquilidade. É bom ter duas senhas diferentes para não excluir acidentalmente algo em cn=config