Aqui está um ótimo link do blog Kimberly Tripp'a. Ele faz referência à categoria Manutenção de banco de dados. Eu não quero reinventar a roda para você aqui - os posts dela e os links deles são um ótimo começo para você.
Ela descreve a verificação de integridade (CHECKDB) para fazer, manutenção de índice, manutenção do log de transações, etc.