Primeiramente, há uma grande pegadinha com o Hyper-v e os discos de passagem. Você pode não fazer o backup normalmente através de qualquer tipo de back-up do Hyper-V. O backup simplesmente ignora esses discos e faz o backup do VHD.
Para backups de VHD, atualmente estou testando um método de captura de instantâneos do sistema de arquivos VSS e, em seguida, usando-os para extrair backups consistentes dos arquivos VHD. Funciona muito bem para máquinas Windows devido aos serviços de integração. Fazemos uma exportação da VM antes de entrar no conjunto de backup para que possamos ter uma cópia das configurações para importação. Também estou trabalhando em uma maneira de armazenar apenas os diffs de VHD para reduzir os requisitos de armazenamento de backup para backups contínuos de 7 dias, mas ele ainda precisa funcionar corretamente.
Com o VSS, ele pausará qualquer máquina que não responda à consulta de reconhecimento do VSS. Sua máquina ubuntu é aquela que será afetada e provavelmente terá alguns segundos de uma interrupção durante o backup enquanto a captura instantânea acontece.