Eu não sou um especialista, mas vou tentar. Antes de mais nada, vamos criar um script xmodmap em ~/.Xmodmap . Eu entendo que você quer que o alt correto funcione como uma super chave. Eu sugiro isso:
clear mod1
clear mod4
!Make right alt to look like Super_R
!I'm assuming your right alt has keycode 108, you can check using xev
keycode 108 = Super_R NoSymbol Super_R
!Add the Super_L and Super_R keys to the modifier mod4
add mod4 = Super_L Super_R
Sua outra tecla alt e super chaves agora podem estar confusas, mas você pode atribuí-las a qualquer coisa que você queira de maneira análoga. (Se você não quiser alterá-los, use xev para ver o que eles fizeram originalmente e atribua-os a isso.) Basta colocar todos os clear s juntos primeiro, depois as atribuições dos códigos de tecla aos nomes das chaves e, em seguida finalmente as atribuições de nomes de chaves para modificadores, e acho que deveria funcionar.
Normalmente, ~/.Xmodmap deve ser executado automaticamente no login, mas se não, você pode tentar adicionar uma linha
xmodmap ~/.Xmodmap
ou
sleep 4 && xmodmap ~/.Xmodmap &
para ~/.bash_profile .