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Separe o que seu script longo deveria estar fazendo em seu próprio script.
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Usando o NSSM , transforme esse script em um serviço; defina sua ação Sair para Ignorar.
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Crie um pequeno arquivo de lote para o Zabbix iniciar, seu conteúdo é apenas uma linha curta para iniciar o serviço criado na etapa acima.
No passo 2, alternativamente, faça o script terminar com o código de saída 0 e defina a ação AppExit \ 0 como Exit, que instruirá o Service Manager do Windows a marcar o serviço como interrompido.