Você poderia fazer algo assim:
$ sudo aptitude -F%p --disable-columns search ~U | xargs -n 1 sudo apt-get install
ou
$ sudo apt-get -s upgrade | awk '/^Inst/ { print $2 }' | xargs -n 1 sudo apt-get install
Isso instalará cada atualização disponível individualmente.
Tenha em mente que o comando acima não leva em conta as dependências do pacote, então você pode acabar com algumas etapas instalando mais de um pacote. Eu não estou ciente de uma maneira de obter aptitude ou apt-get para saída de pacotes em ordem de dependência uns dos outros.