Você está criando o arquivo autônomo com o (parte do WAIK) ? Coloquei seu arquivo no WSIM (adicionei-o a outro arquivo autônomo completo) e validei tudo bem. O único problema que posso ver neste momento é que você está tentando tornar 2 partições ativas, quando você só pode ter 1. O WSIM pode facilitar muito a criação de arquivos autônomos.
Você verificou os arquivos de log (listados na seção Fase de ambiente de pré-instalação do Windows) para erros relacionados a esse problema?
Por fim, você analisou o uso do Microsoft Deployment Toolkit para seu implantações? É uma ferramenta gratuita que permite configurar o particionamento em uma sequência de tarefas sem a necessidade de fazer esses ajustes no arquivo autônomo.
Espero que isso ajude ...