O risco é que as coisas não funcionem aleatoriamente, e você não terá idéia do motivo.
Hipoteticamente, os desktops devem poder compartilhar um sistema, e os desenvolvedores devem garantir que ter um desktop instalado não interfira em outro. Os problemas aparecem quando os desktops dependem de software diferente para implementar os mesmos serviços, e os desenvolvedores de ambos os desktops apenas dizem "bem, ele funciona em nosso desktop, você deve apenas remover o outro desktop" .
Um exemplo: bug # 984230 - os pacotes xfce4-notifyd ( do XFCE) e notify-osd (do Gnome / Unity) são incompatíveis, e se você instalar o XFCE e o Unity ao mesmo tempo, você verá que as notificações no XFCE não funcionam como esperado, porque o serviço de notificação é ativado pelo DBUS, e o notify-osd sempre é executado em vez da versão XFCE. Os desenvolvedores notify-osd não consideram isso um bug no notify-osd, e os desenvolvedores do xfce4-notifyd não consideram isso um bug no xfce4-notifyd, já que ambos funcionam bem quando o outro não está instalado!
Outro exemplo: bug # 889394 - com o gnome-screensaver , xscreensaver e xfce4-power-manager instalados ao mesmo tempo. Ambos tiveram o mesmo tempo limite. O resultado disso foi que depois de algum tempo, um protetor de tela entrou em ação e desligou o monitor (dpms), mas o outro apenas escureceu a tela (sem desligar). Então, dependendo da ordem em que foram executados, que era essencialmente aleatório, os monitores permaneceriam ligados ou desligariam. Uma coisa confusa sobre essa situação é que os dois aplicativos de proteção de tela têm configurações diferentes, portanto, alterar as configurações pode não afetar o que realmente está acontecendo.
Outra coisa confusa é que o XFCE tentará bloquear a tela usando o xflock4, mas sempre usará o xscreensaver se ele estiver presente, nunca o gnome-screensaver, e você não tem como saber isso a menos que você olhe para o código-fonte. E o xubuntu-desktop depende do xscreensaver e do xfce4-power-manager, mesmo que eles estejam em conflito.Portanto, é por isso que tento evitar instalar mais de uma área de trabalho e, em vez disso, instalo cada desktop com sua própria instalação completa em uma partição diferente. Você pode instalar mais de uma área de trabalho no mesmo sistema, mas é menos provável que os desenvolvedores de cada área de trabalho cuidem ou corrijam bugs que só ocorrem quando dois ou mais desktops são instalados.
Mais algumas incompatibilidades a serem observadas:
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Ao executar a troca de usuário lightDM não funciona (o Gnome usa Serviço GDM DBUS, o GDM é o "um e único gerenciador de exibição suportado" para o GNOME, os patches para o lightdm são rejeitados)
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Incompatibilidades com o Chaveiro do Gnome (o Gnome Keyring usa o Gnome Session DBUS serviço que não está disponível em outros desktops)