Você pode verificar seu período de retenção do log binário pelo seguinte comando no MySQL:
mysql> call mysql.rds_show_configuration;
Para definir o período de retenção para 1 dia, use o comando:
mysql> call mysql.rds_set_configuration('binlog retention hours', 24);
O que significa que o servidor MySQL irá limpar o log binário todos os dias.
Além disso, o log binário, eu acho que você pode verificar a configuração de innodb_file_per_table , todos os dados serão armazenados no arquivo ibdata se ele for atribuído com "0".Sugiro que você atribua a opção "1" para que sua tabela seja armazenada separadamente e você possa recuperar seu espaço usado por:
mysql> OPTIMIZE TABLE <table_name>
Verifique os links de referência abaixo para ver se eles refletem seu problema:
Por que o ibdata1 arquivo crescendo continuamente no MySQL?
Mais uma coisa, de acordo com o site, você terá um arquivo ibdata1 de rápido crescimento porque você tem uma transação longa. Tente enviá-los o mais rápido possível para evitar a execução da restauração do sistema para recuperar espaço.