Execute estes dois comandos:
gsettings set org.gnome.desktop.media-handling automount 'false'
e gsettings set org.gnome.desktop.media-handling automount-open 'false'
Ou você pode tentar com uma regra do udev:
sudo nano /etc/udev/rules.d/85-no-automount.rule
Cole esta linha SUBSYSTEM=="usb", ENV{UDISKS_AUTO}="0"
e salve o arquivo.
Reinicie o sistema.