Benchmark, benchmark, benchmark! Você provavelmente encontrará nenhuma diferença significativa entre as duas opções, o que significa que seu tempo é melhor gasto em outros problemas. Se você fizer benchmark e não encontrar nenhuma diferença real, escolha o esquema mais fácil - o que é fácil de codificar se apenas os programas tiverem que acessar os arquivos, ou o que é fácil para os humanos trabalharem se as pessoas precisarem trabalhar com os arquivos frequentemente. / p>
Quanto ao que é mais rápido, o tempo de pesquisa de diretório é, acredito, proporcional ao logaritmo do número de arquivos no diretório. Assim, cada uma das três pesquisas para a estrutura aninhada será mais rápida do que uma grande pesquisa, mas o total das três provavelmente será maior.
Mas não confie em mim, eu não tenho ideia do que estou fazendo! Meça o desempenho quando for importante!