Se você estiver trabalhando com o Windows Vista e superior, existem opções de Diretiva de Grupo que oferecem controle preciso sobre quais dispositivos USB são permitidos ou não. (Se você tiver que suportar o WinXP, veja as outras respostas listadas aqui.)
No Windows Vista ou superior, acesse o editor de políticas de grupo e faça uma pesquisa detalhada:
Configuração do Computador \ Modelos Administrativos \ Sistema \ Instalação do Dispositivo \ Restrições de Instalação do Dispositivo
Lá você encontrará opções para lista branca de dispositivos de lista negra por IDs de dispositivos específicos ou pela classe de dispositivo. Há também uma política muito importante na parte inferior que permite bloquear tudo o que não é coberto pelas outras políticas.
Tudo o que você precisa saber é o ID de hardware do dispositivo ou o GUID da classe de dispositivo. Essas duas coisas podem ser encontradas no Gerenciador de dispositivos se você conectar um dispositivo à máquina.
Usando as políticas que existem, você pode, por exemplo, permitir que todos os mouses e teclados, permitir um modelo específico de um scanner USB e bloquear todo o resto.