Isso depende do sistema de arquivos sendo usado. Alguns sistemas de arquivos são melhores no problema de diretório grande do que os outros, e sim o armazenamento em cache afeta o uso.
Versões mais antigas do EXT3 tiveram um problema muito ruim ao lidar com diretórios com milhares de arquivos neles, o que foi corrigido quando os dir_indexes foram introduzidos. Se um dir_index não for usado, recuperar um arquivo de um diretório com milhares de arquivos pode ser muito caro. Sem saber os detalhes, suspeito que é o que o dispositivo NAS no artigo estava usando.
Sistemas de arquivos modernos (o mais recente ext3, ext4, xfs) lidam com problemas muito maiores do que antigamente. Alguns inodes podem ficar grandes, mas as árvores b em uso comum para indexar os diretórios são muito rápidas em fopen
times.