A solução é colocar na lista negra o driver de armazenamento USB. Os usuários não poderão ler ou gravar arquivos através de pen drives. Isso não apenas protege suas informações corporativas contra roubo, mas também reduz as chances de vírus invadirem seu sistema.
Não há um único parâmetro para o armazenamento USB na lista negra porque pode variar entre as versões do kernel.
Um bom artigo está no AskUbuntu: how-do-i-disable-usb -storage Esta Q & A abrange o Ubuntu 12.04 até 16.04. Abrange diferentes métodos de lista negra e diferentes nomes de drivers de armazenamento USB.