Eu finalmente encontrei a solução para isso, removendo todas as configurações do site, módulos e diretivas de configuração.
Então, finalmente, o log de erros produziu esta gem:
[Fri Feb 22 03:04:22 2013] [emerg] (28)No space left on device: Couldn't create accept lock (/etc/httpd/logs/accept.lock.10752) (5)
[Fri Feb 22 03:04:24 2013] [warn] pid file /etc/httpd/run/httpd.pid overwritten -- Unclean shutdown of previous Apache run?
Agora isso, havia respostas para no google. Como mencionado aqui e em outros lugares, este erro foi causado por muitos semáforos abertos do apache, pois o disco estava vazio e gravável.
Eu resolvi isso executando:
ipcs -s | grep www-data | awk '{print $2;}' | while read -r line; do ipcrm sem "$line"; done
e adicionando isso ao script de reinicialização. Agora está tudo bem. Eu suponho que há uma correlação entre isso e usar kill -9, mas sem isso eu fico com processos apache pendentes e sem resposta.