A última vez que usei o Fedora (era o Fedora 9, YMMV), eu tinha tudo criptografado com LUKS e cryptsetup um volume ext3 em meus volumes lvm, e ele fez isso muito bem. Se você quiser um sistema inicializável com dados criptografados ocultos até que um usuário opte por montar o contêiner correto (em vez de bloquear o processo de inicialização com o objetivo de impedir qualquer uso não autorizado como o que proponho), a solução TrueCrypt mencionada acima pode ser melhor. O Anaconda (o instalador do Fedora) perguntou se eu queria, e eu tentei por curiosidade. Eu até mesmo considerei aquele laptop há muito tempo, e ainda consegui recuperar os dados com um disco inicializável do Linux, então comande fu e, claro, lembre-se da chave. O TrueCrypt também é muito bem testado e tem muitos recursos interessantes.