Deve ser seguro definir essas opções.
Olhando para o padrão Apache 2.2 conf no Ubuntu 12.04 (/etc/apache2/mods-available/deflate.conf), parece que o IE 6 teve alguns problemas com compressão para CSS, RSS e Javascript.
Além disso, alguns proxies realmente antigos não suportam o cabeçalho 'Vary' e, portanto, enviam o conteúdo compactado em cache para os clientes que não indicaram suporte à compactação no cabeçalho 'Aceitar'.
Se o seu servidor Web SOMENTE for acessado através do CDN, essas duas opções não serão importantes. Se você ainda permitir o acesso direto ao seu servidor web, então, como você disse, navegadores / proxies realmente antigos podem ter um problema (mas os usuários de tais produtos antigos enfrentarão uma série de outros problemas ...)