Já fiz isso várias vezes, copiando os "Meus Documentos" e "Área de Trabalho" para pastas redirecionadas manualmente durante o processo. Eu gosto de fazer isso em migrações porque preserva a aparência do usuário do ambiente, bem como seus arquivos de dados.
Se você estiver copiando em seções do Registro (NTUSER.DAT) como arquivos nos novos perfis, certifique-se de modificar a permissão na raiz da seção para permitir o acesso à conta de usuário do domínio. Você pode obter um comportamento realmente muito estranho se não fizer isso. (Microsoft Outlook 2003 exibe uma mensagem de erro engraçado para o efeito de "Outlook Falha ao iniciar" quando isso acontece, como um exemplo.)