Sim. A edição da comunidade é de longe a versão mais amplamente implantada do MySQL em ambientes de produção. Você pode agradecer a aquisição da Sun pela Oracle pela confusão.
As transações são de fato suportadas no mecanismo de armazenamento InnoDB, que está incluído na edição da comunidade do MySQL.
A edição empresarial vem com um contrato de suporte, bem como alguns extras e assobios: MySQL Enterprise Monitor, MySQL Enterprise Backup e MySQL Workbench. Deve-se notar que essas ferramentas são realmente muito boas e adicionam alguma justificativa para o preço, em vez de apenas um contrato de suporte.
Se você quiser alternativas de código aberto para o MySQL Enterprise Backup, sugiro Percona Xtrabackup . Eu não tenho conhecimento de nenhuma boa alternativa ao seu produto Monitor.
Outra coisa que vale a pena considerar é usar o substituto para o MySQL chamado Percona Server com XtraDB . Também é gratuito e baseado no código do MySQL. Eles aplicaram vários patches (amplamente usados) para melhorar o desempenho do MySQL em hardware moderno (multi-core em particular), bem como melhorias para coisas como replicação, monitoramento e confiabilidade.