Veja OSSEC , eu o uso para fazer verificações de integridade de arquivos em nossos servidores, é muito completo e fácil de configurar. Pode enviar notificações por e-mail, você pode verificar alertas via linha de comando ou uma interface web ...
retirado do site:
"O OSSEC é um sistema de detecção de invasões baseado em host de código aberto. Ele realiza análise de log, verificação de integridade de arquivos, monitoramento de políticas, detecção de rootkits, alertas em tempo real e respostas ativas". >