Tenha em mente que o SQL Server não conhece seus negócios. Não sabe que decisões táticas e estratégicas de negócios sua empresa fez, está fazendo e fará.
Isso significa que um índice que está faltando hoje pode não ser relevante amanhã ou pode se tornar mais relevante. A mesma lógica se aplica a índices que estão subutilizados ou não são usados.
Quando o SQL Server RTM, eu escrevi meus próprios scripts para ler e relatar nas tabelas DM e pensei em automatizar sua atividade. Uma olhada em um relatório de índice ausente onde o SQL Server pedia que todas as colunas restantes de uma tabela fossem adicionadas como colunas "Incluir" em um índice de uma tabela com conteúdo muito dinâmico era o impedimento de que precisava não automatize o processo.
Ainda uso meus scripts, mas aplico as decisões de negócios da minha empresa ao que faço - algo que posso fazer em uma empresa menor.
Como sempre, conheça seus dados, conheça seus negócios, conheça a direção da sua empresa.