Cerca de 30% do tempo de CPU parece ser gasto em WAIT e sua carga (1 minuto, pelo menos) é muito alta.
Então, começaria verificando seus padrões de armazenamento e uso de armazenamento. Um bom ponto de partida pode ser dar uma olhada no iostat e / ou monitorar qualquer operação lenta (escrita e leitura). Você também pode verificar o tempo gasto em cada processo na parte superior, para ver se alguma coisa se destaca. Como você tem o mysql em execução, eu também verificaria como está sendo feito.
Você também parece estar trocando, mesmo que você tenha uma quantidade razoável de memória sobressalente, então eu veria o que o ajuste de vm.swappiness
(usando sysctl) poderia fazer por você. A RAM é mais rápida que a swap, então se você puder usá-la, eu o faria.
Se tudo mais falhar, veja o que o sysrq pode fazer por você.
Se uma visão geral mais visual pudesse ajudá-lo, talvez eu olhasse para o netdata de firehol ( link ), se você não tem uma solução pré-existente.