Por que não montar o caminho remoto na árvore do sistema de arquivos local usando sshfs, cifs, nfs ou alguma outra facilidade de sua escolha?
Se você fizer isso, poderá especificar dois caminhos locais para a duplicidade e ele não deverá notar que um dos caminhos está realmente em um nó remoto (certifique-se de escolher o sistema de arquivos remoto que exporta atributos como permissões, etc. da maneira que você quiser e também certifique-se de usar as opções de montagem corretas - o que é especialmente importante para o samba / cifs, já que seus padrões não são muito unix-ish).
Para um Debian ou derivados Debian (como o Ubuntu):
apt-get install sshfs
Então:
mkdir -p /mnt/remote && sshfs username@remote:/home/username /mnt/remote
Depois disso, faça o backup de /mnt/remote
no seu caminho de backup local e, em seguida,
umount /mnt/remote
Confira também man sshfs
para ver quais opções podem ser aplicadas ao seu caso de uso.