Você provavelmente está usando a versão GNU findutils do locate, que não suporta a opção PRUNENAMES. A instalação do mlocate fornecerá estas opções de configuração:
apt-get remove locate
mv /etc/updatedb.conf /etc/updatedb.conf-GNU.old
apt-get install mlocate
Agora, com o pacote mlocate, você pode editar ou criar /etc/updatedb.conf e adicionar estas linhas:
PRUNENAMES=".git .bzr .hg .svn"
PRUNEPATHS="/tmp /var/spool /var/cache /media /usr/tmp /var/tmp /sfs /afs /amd /alex /var/backups/rsnapshot /var/mod_pagespeed"
# the paths in 'PRUNEPATHS' must be without trailing slashes
Em seguida, atualize o banco de dados com:
updatedb
Você provavelmente pode remover o enorme banco de dados de localização antigo:
rm /var/cache/locate/locatedb
(O banco de dados mlocate é armazenado em /var/lib/mlocate/mlocate.db
)
Confira o link para obter mais informações sobre o pacote.
(Eu gastei uma quantidade ridícula de tempo tentando resolver um problema semelhante!)