Não há cache DNS, a menos que você tenha instalado e configurado o nscd ou um servidor de nomes de cache.
A maneira típica de limpar o cache do DNS não parece possível no Amazon Linux AMI:
service nscd restart não funciona porque não está incluído na VM. service dnsmasq restart não funciona porque também não faz parte da VM. service dns-clean restart não funciona porque não faz parte da VM. A Amazon usa o antigo /etc/init.d/networking para configuração de rede; iria reiniciar isso também liberar o cache do DNS?
Isso ocorre porque sua instância do EC2 usa o servidor dns da Amazon, que você não pode atualizar (por exemplo, 172.xxx.xxx.xxx). você só precisa esperar.