Sim, você pode, se seu registrador oferecer suporte a registros de cola IPv6.
No entanto, se você estiver apenas delegando para o registro IPv6, os clientes somente IPv4 não poderão consultar seu servidor. Provavelmente uma decisão insensata neste momento na implantação mundial do IPv6.
De qualquer forma, tudo isso é contornar a verificação da ferramenta pingdom em ter dois servidores de nomes. A razão pela qual existe uma verificação é garantir que você esteja fornecendo redundância para a resolução de nomes do seu domínio. Se você está apenas rodando em um único servidor, então você não fornece nenhuma redundância extra - a 'aprovação' por essa ferramenta é completamente irrelevante.
Se você precisar de resolução de DNS redundante, não o faça; seu registrador provavelmente oferece um serviço de DNS que funcionará bem.