Com quantas máquinas você está lidando? Se não for muito, talvez seja possível remover os perfis usando um script ou manualmente usando o painel de propriedades do sistema (veja a captura de tela). Quando o sistema estiver em um estado "limpo", você poderá usar uma reinicialização para restaurar o software para limpar as alterações feitas em um horário especificado. Um desses produtos é o Deep Freeze da Faronics.
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Se você não estiver familiarizado com isso, a maneira como ele funciona é que você tem um instalador de estação de trabalho que é executado em máquinas clientes que conversam com um console administrativo. O console pode até ser executado em seu computador e você pode executar rapidamente ações em várias máquinas, como reinicializar, reinicializar congelado (nenhuma alteração é salva), reinicializar descongelado (o inverso). Você pode criar eventos para todas as máquinas, por exemplo, reiniciar no horário x, etc. Ele também tem suporte para o WSUS.
Se você imaginar as máquinas, você pode ter um segundo software chamado semente que você instala na imagem. Depois que a nova máquina é configurada, ela serve como um farol e fala com o console. Isso permite que você ative a instalação completa da estação de trabalho sem precisar ir até o computador cliente. No lado do usuário, parece que eles podem fazer alterações, mas depois que ele é reiniciado, tudo desaparece.