Formatar? Essa é a maneira mais fácil de limpar um sistema de arquivos ... substituindo-o. : D
Se você estiver armazenando arquivos grandes, selecionar uma unidade de alocação maior reduzirá as despesas gerais.
Eu passei de cerca de 300 MB na MFT para menos de 10 MB após a formatação com uma unidade de alocação de 64 K e copiei os dados de volta. Isso foi em um volume NTFS de 250GB.
Eu também verificaria a restauração do sistema. Tente executar WinDirStat como SYSTEM usando PsExec
e veja se há arquivos grandes em System Volume Information, chamado Restore {GUID}.
Para excluir todas as cópias de sombra mais recentes de todos os volumes do seu sistema, vá até a Limpeza de Disco, selecione "Limpar Arquivos do Sistema" e use o segundo botão na guia "Mais Opções".
Para desabilitar apenas um volume e reativar as cópias de sombra para o volume na guia "Proteção do sistema" das Propriedades do sistema.
(Se você estiver interessado no tamanho da sua MFT, veja a saída de defrag /a
)