O Sysprep combinado com um arquivo autônomo deve resolver a maioria dos seus problemas, embora, como você diz, ele possa funcionar um pouco mais devagar, já que a mini-instalação é executada após a reinicialização. Existem alguns cenários específicos que você precisa resolver usando o newsid ou apenas a generalização do SO em geral?
Eu não ficaria surpreso se a MS conscientemente derrubasse sistemas operacionais onde o newsid era executado. O único teqnique de generalização suportado é (até onde eu sei) o sysprep, então se você está rodando sistemas de produção eu ficaria com isso.
Pode não ser a resposta que você espera, no entanto.