Se você preferir definir essas pastas durante a instalação, você terá que usar uma instalação assistida. UNATTEND.TXT é um arquivo INI que contém as configurações de instalação autônoma do Windows XP. Especificamente para definir pastas do sistema para locais não padrão, você adicionaria isso ao seu UNATTEND.TXT:
[Unattended]
CommonProgramFilesDir="D:\Programs\Common Files"
ProgramFilesDir=D:\Programs
TargetPath=\WINDOWS
[GuiUnattended]
ProfilesDir=C:\Users
Este site é uma ótima referência para criar uma instalação autônoma do Windows XP: unattended.msfn.org/unattended.xp /
Mais material de referência pode ser encontrado nas Ferramentas de Implantação do Windows XP no site Microsoft Downloads microsoft.com/downloads