Eu criei o seguinte script
#!/bin/bash
date
who -r
/sbin/telinit 2
who -r
/sbin/telinit 3
who -r
date
e instalou no cron
* * * * * /home/iain/test &>>/tmp/test.out
É a saída
Thu Mar 20 03:06:01 EDT 2014
run-level 3 2014-03-20 03:05 last=2
run-level 2 2014-03-20 03:06 last=3
run-level 3 2014-03-20 03:06 last=2
Thu Mar 20 03:06:01 EDT 2014
Como você pode ver, o script continua em execução. Quanto à segurança disso, só você pode decidir com base nos seus testes em seu ambiente.