Praticamente qualquer peça de hardware de servidor funcionará bem com o FreeBSD - usei o hardware da Dell sem problemas, assim como várias variantes SuperMicro ( IronSystems é o que eu lido com mais frequência, embora eles não "certifiquem" hardware para compatibilidade).
Se você precisa ter hardware "certificado" e não quer percorrer a HCL, eu recomendaria IXSystems - O equipamento deles é construído especificamente & testado para compatibilidade com o FreeBSD, e eles são apoiadores bastante substanciais da Fundação FreeBSD, então eles são investidos (tanto no sentido monetário quanto moral) no sucesso do sistema operacional FreeBSD.