Eu sugeriria o LVM, ou qualquer outro nível de sistema de arquivos, os snapshots só deveriam ser usados se a restauração só voltasse à mesma máquina (ou a um clone dela). Para backups mais flexíveis e confiáveis, você deve se ater ao mysqldump, que fornecerá um backup que pode ser restaurado em qualquer máquina, incluindo aquelas que executam um sistema operacional diferente.
Se você chegar ao ponto em que executar o mysqldump apresenta qualquer tipo de problema, então você deve estar executando a replicação master / slave e executar os backups no slave.