O Hyper-V suporta o Linux como sistema operacional convidado, mas sendo uma plataforma da Microsoft, é obviamente mais focado na compatibilidade com o Windows; aqui está a lista oficial dos sistemas operacionais convidados:
Vale a pena notar que o VMware ESXi também é gratuito e tem um suporte muito mais amplo ao sistema operacional convidado (além de ser líder de mercado em virtualização e um produto geralmente muito mais maduro do que o Hyper-V).
Além disso, o Hyper-V Server é um pouco difícil de gerenciar se você não tiver o System Center Virtual Machine Manager disponível: ele não tem GUI (o console físico só pode ser usado para administração básica), o Hyper-V MMC remoto só é executado no Windows 7 e, se você não tiver um domínio do Active Directory, as coisas podem ficar complicadas . O ESXi é muito mais amigável, contanto que você tenha pelo menos um PC com Windows (XP ou posterior) em que possa executar o cliente vSphere.