Depende do que você planeja alcançar.
Se você vai ter uma pequena fazenda com pequena quantidade de usuários, isso é algo que você não precisa levar em consideração. No entanto, quando você está implantando um farm realmente grande, você deve pagar os limites do software.
Como você pode ver neste artigo da Technet Planejar limites de software , o SharePoint degrada o desempenho exponencialmente quando certas coisas não são levadas em conta.
Sugiro que você pague por esses problemas de desempenho, em vez de conjuntos de sites. As coleções de sites têm seus prós e contras, mas quando você está trabalhando com grandes fazendas (100 GB +), a Microsoft sugere usar um único conjunto de sites e cotas para bancos de dados de conteúdo. Espero que isto ajude.
-Máximo