De acordo com este artigo :
A execução deste comando a partir da linha de comando / terminal mostrará onde o MySQL procurará o arquivo my.cnf nos sistemas Linux / BSD / OS X:
mysql --help | grep "Default options" -A 1
Isso produzirá algo assim:
Default options are read from the following files in the given order:
/etc/my.cnf /etc/mysql/my.cnf /usr/etc/my.cnf ~/.my.cnf
Agora você pode verificar os arquivos usando a saída acima em /etc/my.cnf
, depois /etc/mysql/my.cnf
e assim por diante. Se não houver um em um desses locais, você pode criar um e saber que o MySQL irá usá-lo.