Executar um aplicativo mpi no docker

Question

Estou jogando com o docker e queria poder iniciar um aplicativo mpi nele.

Estou usando o ubuntu: mais recente como imagem de base e instalei as ferramentas necessárias para compilar meu programa e vinculá-lo ao mpi.

Quando eu inicio o programa usando o mpirun, recebo esses avisos:

[c1dab84c3fac:10417] [[INVALID],INVALID] ORTE_ERROR_LOG: Not found in file ess_hnp_module.c at line 170
--------------------------------------------------------------------------
It looks like orte_init failed for some reason; your parallel process is
likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can
fail during orte_init; some of which are due to configuration or
environment problems.  This failure appears to be an internal failure;
here's some additional information (which may only be relevant to an
Open MPI developer):

orte_plm_base_select failed
  --> Returned value Not found (-13) instead of ORTE_SUCCESS
--------------------------------------------------------------------------
[c1dab84c3fac:10417] [[INVALID],INVALID] ORTE_ERROR_LOG: Not found in file runtime/orte_init.c at line 128
--------------------------------------------------------------------------
It looks like orte_init failed for some reason; your parallel process is
likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can
fail during orte_init; some of which are due to configuration or
environment problems.  This failure appears to be an internal failure;
here's some additional information (which may only be relevant to an
Open MPI developer):

orte_ess_set_name failed
  --> Returned value Not found (-13) instead of ORTE_SUCCESS
--------------------------------------------------------------------------
[c1dab84c3fac:10417] [[INVALID],INVALID] ORTE_ERROR_LOG: Not found in file orterun.c at line 694

Se eu rodar o mesmo programa em um Ubuntu normal (mesma versão), ele será executado.

    

Answer 1

O contêiner do Docker não é como o Ubuntu normal. O container padrão do Ubuntu tem muitas coisas básicas faltando (exemplo: init, ssh daemon, cron)

Normalmente eu uso o docker de imagem de base de phusion, goto como abaixo para saber mais sobre alguns problemas básicos no docker padrão do Ubuntu e como esses problemas podem ser resolvidos.

link

    

Answer 2

Eu encontrei esse problema recentemente. Instalar o pacote ssh irá corrigir este problema.