Meu entendimento é que você não deveria estar construindo um pacote debian com dpkg-deb --build em primeiro lugar. Se você usar dpkg-buildpackage , você não precisará se preocupar com a inclusão dos diretórios .svn em seu pacote.
Veja: link
Pode haver um método melhor, mas aqui está um que eu não testei completamente:
Use dh_make para criar um pacote debian skeleton. Coloque seus arquivos no diretório acima do diretório debian .
edite o arquivo dirs resultante e coloque os caminhos nos quais você vai mover os arquivos, por exemplo:
/opt/mypackage
/usr/local/bin
Em seguida, no arquivo rules , remova o código $ (MAKE) e defina sua seção install: build para algo assim:
install: build
dh_testdir
dh_testroot
dh_clean -k
dh_installdirs
# Copy files into staging area
rsync --exclude .svn -a mypackage/ debian/tmp/opt/mypackage/