Eu estava tendo o mesmo problema. O problema foi causado pelo SCRIPT_FILENAME fcgi param. Quando eu adicionei a configuração do host virtual, tudo começou a funcionar:
location ~ \.php$ {
include fastcgi_params;
fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;
fastcgi_pass unix:/var/run/php5-fpm.sock;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
}