Para todas as cadeias você pode -F:
+---------------+ +---------------+
| | | |
| Chain MyChain | | Chain MyChain |
| Rule 1 | -F | is |
| Rule 2 | | empty |
| Rule 3 | ==> | |
| | | |
+---------------+ +---------------+
Somente para cadeias definidas pelo usuário (cadeia criada com iptables -N MyChain) você pode -X se estiver vazio:
+---------------+
| |
| Chain MyChain | Chain MyChain
| is | -X does not exist
| empty |
| | ==>
| |
+---------------+
Ambos
iptables -F
iptables -X
são usados porque é possível excluir uma cadeia definida pelo usuário somente quando ela está vazia. Correntes internas não podem ser excluídas, mas podem ser liberadas.